תשומת לב מיוחדת מוקדשת בנאות סמדר לחינוך הילדים.
הילדים גדלים באווירה של משפחה מורחבת, שמייצרת סביבה חמה ותומכת בה הם יכולים לנוע בביטחון ובשמחה ולפרוח. כל המבוגרים שותפים ברמה זו או אחרת בחינוך הילדים , וזה אך טבעי לילד לפנות לכל מבוגר שנמצא בסביבה.

כיום פועלים בנאות סמדר פעוטון, גן ילדים ובית ספר יסודי. ההבנה שלימוד אמיתי יכול להתקיים רק באווירה של כבוד הדדי, של אכפתיות קשובה לכל ילד, ולא באווירה של סמכותיות, קונפורמיזם, תחרותיות או פחד מכל סוג שהוא, היא נחלת כל אנשי החינוך. מחנך אמיתי, להבנתנו, הוא תלמיד של הסיטואציה בדיוק כמו הילדים, והתייחסותו לקושי שעולה בין הילדים היא עכשווית ולא על פי מתכונת ידועה מראש. יחד עם הילדים הוא מגלה כל פעם מחדש את החשיבות והיופי שבשיתוף פעולה וביחסים חבריים ומאפשר לדברים לחלחל לתוך עולמם.

דגש מיוחד מושם בבית הספר על יצירתיות בכל תחומי הלימוד, בייחוד בדרמה, באוּמנויות, במוסיקה ובכתיבה, ורבים מחברי הקיבוץ נוטלים חלק בפעילויות אלו. שלל האירועים והעשיות בנאות סמדר מהווה כר נרחב ללמידה חיה ומוחשית, וקורה לא אחת שנוצרים יחסים מיוחדים בין ילדים למבוגרים על רקע של התעניינות הילד בתחום הידע של המבוגר.
רוב רובה של פעילות הילדים בשעות שאחרי בית הספר נעשית בקבוצות רב גיליות: ילדים בני כל הגילים אוכלים את ארוחותיהם יחד, מכינים את שיעורי הבית יחד, ומשתתפים יחד בהצגות, בפעילויות מוסיקליות, בחוגים ובמשחקים. החודש האחרון של כל שנת לימודים מוקדש להפקתה של הצגת סוף השנה ולהכנת תערוכה המסכמת את פעילות בית הספר במהלך השנה. רבים מאנשי המקום נרתמים לסייע בבניית הבמה והתפאורה, בכוריאוגרפיה, בליווי מוסיקלי, בהכנת תלבושות ועוד. יום ההופעה הוא יום חג לכל הקיבוץ, חגיגה של אנרגיה ושמחת יצירה.   

העשייה החינוכית בנאות סמדר לא מצטמצמת בילדי המקום. מבחינתנו, העבודה עם המתנדבים, עם צעירים שמגיעים לקיבוץ ובוחרים לשהות בו זמן מה ועם אורחי הסמינרים היא עבודה חינוכית במלוא מובן המילה, גם אם איננה ישירה או מפורשת. אנחנו רואים בחינוך משימה מרכזית של הקהילה כולה ומתכוונים להקים במקום מדרשה לצעירים אחרי צבא ברוח הלימוד שבנאות סמדר.